中心的运行管理以全方位开放为根本目标，实施仪器设备、经费、用房、人员及实验教学任务的统一管理，仪器设备资源开放共享，基础教学实验室和开放研究实验室实行统一协调运行，做到实验教学与实验室管理的一体化运行。在运行上做到：

 ① 根据教务处排课计划，统一组织安排实验教学工作；

 ② 统一管理实验室的教学仪器设备使用；

 ③ 统一调配实验室技术人员，实现“场地、仪器、人员”的互通和共享；

 ④ 统一规划实验室建设和开展实验教学的整体改革实践；

 ⑤ 统一组织实验室开放，促进课内与课外结合、提高实验室的使用率。

对实验教学资源实行统管共用方面体现在：基础教学实验室和开放研究实验室统一协调管理，仪器设备公开共用，完全打破课程之间、学科之间、实验室之间、科研与教学之间的界限，以实验室时间、空间及仪器设备的使用为前提，实现学科相互渗透，功能互补。

中心在运作中实行“实验中心为教学平台，相关学院为教学主体”的运行模式。突出“合作、共享、高效、创新”的机制：合作——学院与中心、教师与实验技术人员的合作；共享——网络教学资源共享与仪器设备使用共享；高效——实验室高效使用与提高实验教学效果；创新——管理机制的创新与实验技术的创新。